Manoela Aliperti deu início a su carreira em 2013, quando estreou na série "3 Teresas" do canal GNT. Logo em seguida, a série "A Vida Secreta dos Casais", do canal HBO, dirigida por Carlos Alberto Riccelli e Kim Riccelli.
Em 2016, pode ser vista no cinema com sua participação no filme "De Onde Eu Te Vejo", dirigido por Luiz Villaça, ao lado de nomes como Denise Fraga e Domingos Montagner. Outros filmes que contam com a sua presença cênica são o curta-metragem "Polaris" (2018), como a protagonista Érica, e o filme "Sem Pai Nem Mãe" (2019), no qual interpretou uma guerrilheira, e também no longa "Diário de Viagem".
No entanto, foi em 2017 que Manoela conquistou o coração do público brasileiro ao interpretar Lica, a protagonista de "Malhação: Viva a Diferença", tornando-se a primeira protagonista bissexual de uma telenovela da Rede Globo, a temporada foi premiada com o Emmy Internacional Kids. Devido o sucesso do seriado adolescente, a plataforma de streaming GloboPlay lançou um spin-off, “As Five”, Manuela permaneceu com a sua personagem sendo uma das cinco protagonistas do folhetim.